Selon le Manuel Merck, une référence médicale reconnue, les effets secondaires de l'acupuncture sont généralement légers lorsque la technique est pratiquée convenablement. Certaines personnes ressentent une légère fatigue, un étourdissement ou une somnolence après un traitement, ce qui est normal et passager. Ces effets peuvent se faire ressentir 24 à 48 heures après le traitement. Des complications plus sérieuses (infection, lésion, saignement) sont rares lorsque le traitement est effectué par un professionnel qualifié, comme un membre de l'Ordre des acupuncteurs du Québec.
Certaines conditions demandent une attention particulière, comme la grossesse, les troubles de la coagulation, ou la présence d'un stimulateur cardiaque (pour l'électro-acupuncture), qui sont des situations plus fréquemment rencontrées. Un questionnaire médical vous sera envoyé avant le traitement, où il vous sera demandé de nous en faire part. À la première rencontre, il y aura également un retour à ce propos.